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今天病人通过服用不同的药物攻击在不同的阶段艾滋病病毒。这些药物包括：抑制蛋白酶抑制艾滋病病毒活动所需要的蛋白酶的活动。通常也可以用来抑制复制活动。如Saquinavir, Indinavir, Ritonavir, Kaletra, Nelfinavir等药物。抑制逆转录酶（reverse transcriptase inhibitors，RTIs）抑制逆转录酶的活动。逆转录酶是艾滋病病毒用于复制的酶，缺乏这种酶可以阻止艾滋病病毒建立RNA和DNA。它有三种形式：非核苷酸反转录酶抑制剂如Nevirapine, Efavirenz等药物核苷酸反转录酶抑制剂如齐多夫定（AZT), 司它夫定Stavudine(d4T), Didanosine(ddI), Zalcitabine(ddC）, 拉米夫定3TC), Abacavir(AZT+3TC)抑制进入的药物抑制艾滋病通过溶解寄主细胞的膜进入细胞内。建立对HIV疗法的课题面临很多困难。每一种有效的药物都有副作用，通常是严重的或是致命的。常见的副作用包括严重的恶心、腹泻、肝脏的损毁和衰竭、黄疸、高血脂、糖尿病、脂肪组织移位、贫血、肾结石。致命的副作用包含史蒂芬斯-强森综合症、猛暴性肝炎、胰脏炎、乳酸血症。每一种疗法都要求经常性的血液检查以确定疗效和肝脏功能。